冷冻干燥机是这种新式的空气净化设备，通常是较为大中型的厂子或是厂区会应用较多，针对冷冻干燥机的平时应用流程时要需注意保护，保护的目地是确保它具备优良的特性。冷冻干燥机泄压阀不大或是沒有泄压阀时是不可以开展再生的，这样会引起两塔切换时进气阀关不死，系统压力就会降低；有些是空压机和冷冻干燥机组合在一体的，有人也称为冷干机，其实这种说法不太正确，应该是由冷冻干燥机和吸附干燥机组合在一起的这种才对。
冷冻干燥机开机前须检查机台背面冷凝器是否干净，以免散热不良。开机前检查安全装置是否可靠。机台运行10-20分钟后检查工作压力和工作电流是否正常。通入压缩空气后运行10-20分钟检查自动排水器是否有排水。机台请每周打开排污阀两次以上。机台的手动排水阀每日须排水两次以上。环境温度较高时请检查是否超过40℃，如超过请改善。
冷冻干燥机的常规检修要做好，注意事项如下：
1.冷冻干燥机的电子排水器，手动排一下阀门，或清理一下。
2.保持机体外表清洁。
3.冷冻干燥机的散热部分经常清理。
4.冷冻干燥机在使用一定时长之后要更换氧化铝和分子筛。
5.如果泄漏，就是冷冻干燥机没法工作，导致水分无法析出，检查的方式是看冷媒压力表压力是否降低，一般静止压力在10公斤左右。
6.检查冷冻干燥机干燥剂：从冷冻干燥机的塔的下侧打开（放料口），看看干燥剂有没有变色，新的是白色的，如果是黄色的说明中毒了，就没有使用效果了。
有些组合机的管道过滤器是内置的，组合式冷冻干燥机就是内置精密过滤器，一般内置过滤器的会安装自动排水器，但也要检查是否排水正常，不要堵了排水孔，还要关注滤芯的使用时长有没有过期，管道过滤器滤芯的使用期不要超过5000小时是zui佳的，太长时间不更换会影除水效果，也会影到干燥机的使用寿命。